Los bosques de haya (fagus silvatica) constituyen la formación dominante en el paisaje vegetal, en su mayoría hayedos acidófilos desarrollados sobre laderas pendientes y, en menor medida, hayedos basófilos desarrollados sobre afloramientos calizos. En su mayoría, sobre todo en las laderas, se trata de hayedos jóvenes, de largos pies rectilíneos. En los alrededores del embalse inferior, se pueden observar algunos viejos y hermosos ejemplares, muy ramificados.
El roble común (Quercus robur) está presente en la margen izquierda del embalse inferior, donde convive con hayas y hermosos ejemplares de acebo (Ilex aquifolium L.) y espino albar (Crataegus monogyma), muy llamativo en su floración primaveral.
En las verdes praderas que bordean los embalses se desarrollan comunidades hidrofíticas singulares, y destacan por su abundancia la manzanilla fina (Anthemis nobilis) y mentas aromáticas, y en otoño el falso azafrán.
En los pastos supraforestales de la divisoria de aguas se desarrolla un mosaico de brezal-tojal, particularmente en la cresta de Soratxipi.
En los taludes, claros y bordes de bosque, y zonas de fuertes pendientes sin vegetación se ha desarrollado matorrales de sustitución como argoma (Ulex cantabricus) y diversos brezos.